Pada tanggal 9 November 1969, yang menjadi cikal bakal lahirnya GKJ Manahan Pepanthan Tohudan, bahwa ada 14 Kepala Keluarga di wilayah Tohudan dengan persetujuan dari Majelis GKJ Manahan sebagai gereja induk dan Pepanthan Blulukan, bersepakat untuk mengadakan kebaktian sendiri di Tohudan dengan membentuk pepanthan baru yaitu GKJ Manahan Pepanthan Tohudan. Ke 15 Kepala Keluarga tersebut adalah :
- Keluarga Bp. Atmodihardjo: Kodan
- Keluarga Bp. Somopawiro: Kodan
- Keluarga Bp. Resodimedjo: Kodan
- Keluarga Bp. Sutarno: Rumah Dinas Pertanian Tohudan
- Keluarga Bp. Sutoyo: Tohudan
- Keluarga Bp. Padmowihardjo: Tohudan
- Keluarga Bp. Mandijo Sukarto : Tohudan
- Keluarga Bp. Parjadi: Tohudan
- Keluarga Bp. Wirjo Sudarmo: Tohudan
- Keluarga Bp. Sudarno: Tohudan
- Keluarga Bp. Pawiro Marimin: Tohudan
- Keluarga Bp. Kerto : Gedongan
- Keluarga Bp. Warso Semito:Gedongan
- Keluarga Bp. Mangun Wardoyo: Warga tamu
Untuk memperlancar jalannya ibadah maka dipandu oleh :
- Bp. Puspa Atmodjo : Nusukan
- Bp. Hadi Sahjono : Nusukan
- Bp. Sujatno, BA : Guru SMP Kristen
Karena belum memiliki gedung gereja sendiri maka ibadah sementara menempati rumah keluarga bapak Sutoyo di dusun Kepoh Desa Tohudan.
Pada tahun 1972 karena rumah keluarga Bp. Sutoyo direnovasi, maka kebaktian di pindahkan ke rumah Bp.Somo Pawiro di Kodan.
Pada tahun 1974 kebaktian di pindah ke rumah Bp. Hadi Sutanto di Kepoh (sebelah selatan gedung gereja yang sekarang).
Pada tahun 1977, kebaktian sudah menempati gedung gereja baru yang dibangun atas usaha gotong royong dari jemaat, di atas tanah seluas ± 200 m2 persembahan dari Bp. Hadi Sutanto. Atas inisiatif dari bp. Sutarno dengan disetujui oleh warga jemaat, agar dikemudian hari tidak terjadi permasalahan maka tanah persembahan dari keluarga Bp. Hadi Sutanto kemudian dibeli oleh gereja.
Untuk memberikan kenyamanan dan pelayanan yang lebih baik kepada jemaat, maka pada tanggal 5 Juli 1995, gedung gereja dipugar atau direnovasi dengan kepanitiaan sebagai berikut
- Ketua : Bp. R. Widjiono
- Penulis : Bp. Sukamdi
- Bendahara : Bp. Sunarso
Selama renovasi gedung gereja berlangsung, maka kebaktian sementara menempati rumah keluarga bapak Atmo yang terletak di sebelah utara gereja.
Pada tanggal 13 Agustus 1995, renovasi gedung gereja belum selesai dengan sempurna tetapi sudah dipakai untuk kebaktian.
Melalui dinamika kehidupan bergereja di GKJ Manahan Pepanthan Tohudan, saat ini seluruh jemaat dengan rasa persaudaraan, kebersamaan dan kekeluargaan yang tinggi, sepakat untuk berproses dalam rangka menuju kearah pembiakan/pendewasaan.